一、体制、责任的比较
合伙会计师事务所是建立在合伙人之间互相信任基础上的人和企业。其特点是靠人之间的合作，而不是资金合作。具备合伙人条件的注册会计师，心不和难以成为合伙人，既使成了合伙人也难以维持。合伙会计师事务所中，合伙人是投资主体，事务所不是法人主体。但不是法人不等于没有独立的法律地位，合伙所仍拥有广泛的权利能力，而且合伙人与事务所不可分离，是一体化的。合伙所的财产不为合伙所独立拥有，而属全体合伙人共同所有，合伙人是合伙财产的直接所有者。合伙会计师事务所的债务，由合伙人按照出资比例或根据协议，以各自的财产承担责任，事务所的资产不足以清偿时，由合伙人的个人财产清偿。以个人财产清偿没有最低额和出资形式的限制，直到家庭财产全部赔完为止，负无限连带责任。无限责任虽然是一种巨大的精神压力。但任何事情都是一分为二的，恰恰是无限责任的设置使事务所的风险防范意识发生了根本的变化，使这一精神压力变成了勤勉尽责、谨慎执业的动力。
改制的有限责任会计师事务所因受历史条件限制，发起人不可能完全按照自己的愿望寻找搭档，只要符合国家规定及事务所成员之间的约定条件，以资产为纽带，通过外力把原事务所人员捏合在一起。发起人、出资人按协议出资就能成为事务所的股东，事务所就能组合起来。事务所股东对投入事务所的资产不能主张所有权，只能通过股权转让的方式取得。公司的核心是资本运作，通过资本运作使公司的股东(出资人)获取经济利益。有限责任会计师事务所以事务所的全部资产对债务承担责任，出资人以其出资额为限。改制前事务所因有挂靠单位作强大的后盾，根本就没有风险意识，脱钩改制后也因负有限责任影响到风险意识的树立。
从所得的利益方面比较，无论是合伙会计师事务所，还是有限责任会计师事务所，只要所从事的一切活动遵纪守法，按法纳税，发展就不受限制，所得利益也将受到法律保护。从这一点来看，两种形式事务所的利益都是无限的。所不同的是，合伙会计师事务所利益和责任都没有上限，即利益和责任都是无限的。而有限责任会计师事务所利益无限，责任却有限，显然不对等。因此，合伙所负有无限责任，不敢为蝇头小利而冒以家庭财产作赔的风险。而有限责任会计师事务所是以个人出资额为限作为赔偿的砝码，当利益大于赔偿额时，就可能为利益所驱动，满足委托方的不合理要求，损害国家和社会公众利益。一些上市公司之所以敢造假上市、诈骗钱财，损害广大投资者的合法权益，原因是多方面的，但不能说不与会计师事务所的“包装审计”有关。会计师事务所为了自身利益，对财务状况存在问题的企业进行包装，为企业提供了上市证明，坑害投资者。笔者看来，这不仅仅是职业道德问题，与会计师事务所所负的法律责任有关。如果合伙所敢为小利而忘大法、冒风险，那是要付出沉重代价的，有可能倾家荡产。有限责任会计师事务所，即便造成严重恶果，经济赔偿的法律责任也不能超出个人的出资额。同罪异罚，相同的问题，因事务所的性质不同和惩罚不同。再说，有限责任事务所仅在出资额范围内进行赔偿，是从获得的“一桶”利益挖出“一勺”而已。“法轻利重，安能绝乎”!这是晋代葛洪在论述“酒禁”时说的一番话。意思是说，因为酿酒、贩酒获得暴利，而犯禁的处罚很轻，所以屡禁不止。对会计违法行为的处罚，如果采用法轻利重的办法，一些人就会为了利益“赴汤蹈火”，“前人虽败，后人复起”。造假上市的现象就难以遏制。
二、税负比较
合伙所不是一个纳税主体。国务院自2001年1月1日起决定对合伙企业停止征收企业所得税，取消双重税。合伙人根据所得缴纳个人所得税，税后收入由合伙人提取或留在企业。有限责任事务所是纳税主体，个人工资达到纳税标准的交纳个人所得税，企业的经营收入扣除成本，按实现利润交纳企业所得税，个人取得的股利交纳个人所得税。显然，合伙所税负会轻于有限责任所。
三、组织形式比较
有限责任会计师事务所是按《公司法》规定成立起来的，又名有限责任公司。事务所设若干股东，股东以出资额对事务所负责，事务所以全部资产对债务承担责任。组织机构有：股东大会、董事会(执行董事)、监事会这种组织结构，从加强事务所的治理和权力制衡上说，无疑是科学的，但对于几十个人的小所，也设立如此复杂的机构，未免“一国三公，适从焉在?”而合伙所权力层没有这些机构，合伙人完全是志愿结合，对合伙所共同管理，共负责任，一般来说不会有那么多权力纷争和人事矛盾。
综上所述，合伙会计师事务所的体制、税负、组织机构等要比有限责任会计师事务所优越，但在规模等方面尚落后于有限责任会计师事务所。合伙会计师事务所面对基础雄厚、较大规模的强劲对手要充分发挥体制优势，不断修正观点，规范行为，提高执业能力。政府有关部门，要解放思想，努力为合伙会计师事务所创造一个公平、公正的竞争环境，使合伙会计师事务所发展成为事务组织形式中的主导形式。
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